直肠脱垂的治疗方法多种多样，应根据导致该病的原因、脱垂的程度及其类型来进行治疗。
1、儿童直肠脱垂
该类人群的直肠脱垂，由于其生理的特点，有自愈倾向，因而以保守疗法为主，并积极治疗其伴发的全身疾病，如百日咳、腹泻、便秘等。同时也可采用针灸、按摩等疗法，或者局部用药，均可有较好的疗效，对于经年不愈的年长患儿，也可采取手术或注射疗法。
2、成人完全性直肠脱垂
注射疗法与手术疗法均可采用，但应根据脱垂的严重程度及类型，选择适当的方法进行治疗。
3、成人直肠粘膜脱垂
应以注射硬化剂的注射疗法为主，或者采用针灸等强刺激疗法，对肛门括约肌松弛的，可采用直肠紧缩术或括约肌折迭术。
