由于胃溃疡和十二指肠溃疡的病因与发病机制不完全一致，在治疗上如果不加以区别，就会造成事倍功半的后果。
杀菌治疗别走向极端
过去认为“无酸不成溃疡”，所以主要治疗措施就是抑制胃酸分泌。随着幽门螺杆菌感染的理论得到越来越多学者的认可，治疗似乎又变为不管哪一种胃疾都用杀菌药物，也不管该药对胃黏膜是否有刺激。笔者认为二者都是消化性溃疡的重要原因，治疗上理应二者兼顾。比如大量长期应用甲硝唑作为杀菌药就是一个典型的事例，甲硝唑对幽门螺杆菌的杀菌作用值得怀疑，但对胃黏膜的副作用却是肯定的。
抑酸和保护黏膜要细分
胃溃疡患者的胃酸分泌可以正常或低下，主要发病机制是防御、修复功能减弱，此时的抑酸治疗并不是最主要的措施，尤其是对胃酸分泌低下者反而有害。应以保护胃黏膜为主要措施，如硫糖铝、枸橼酸铋钾、米索前列醇等。配合适当的饮食治疗，戒烟戒酒、少食辛辣。
大多数十二指肠溃疡患者的胃酸分泌是增多的，该病的主要发病机制是侵袭因素增强，因此抑酸药物不可或缺。但以保护胃黏膜为主要作用的药物对此疗效则大打折扣，如服用硫糖铝对十二指肠溃疡的治疗几乎无任何作用。
