无急性肾盂肾炎的症状（发热和腰痛）存在时，鉴别上尿路及下尿路感染常很困难。慢性肾盂肾炎患者在排泄性尿路造影中有典型的肾脏瘢痕，而下尿路感染患者的肾脏正常。然而有肾脏瘢痕病人的尿培养有时无细菌生长，只表现为下尿路感染的症状。排泄性尿路造影正常的患者也有时出现发热，腰痛或其他上尿路感染的症状。因此，这时除非进行侵入性检查，否则，下尿路感染（女性尿道综合征和膀胱炎，男性细菌性前列腺炎和膀胱炎）和上尿路感染之间的鉴别相当困难。
慢性肾盂肾炎还须与其他原因引起的慢性肾小管间质性肾脏疾病相鉴别，特别是镇痛剂性肾病。作鉴别时还须考虑肾结核之可能，尿涂片及培养发现有分枝杆菌以及尿路造影发现有典型的肾结核表现时可资鉴别。尿路造影发现有慢性肾盂肾炎改变者，有时还需进一步作肾脏核素扫描、血管造影或ct扫描等检查与肾脏肿瘤相鉴别。
对于慢性肾盂肾炎的治疗措施可有一般治疗和特殊治疗之分，详述如下
