（1）特殊治疗对感染严重或并发于肾脏疾病、尿路畸形的急性肾盂肾炎患者，需住院治疗。立即采集血、尿标本进行培养，确定致病菌后作抗生素敏感试验。在药敏试验结果未弄清之前，可凭经验选择抗生素。尽管每个医生选择的抗生素有所不同，但一般可用一种氨基甙类加氨苄青霉素静脉给药。若致病菌对药敏感，临床疗效好，则继续治疗1周，然后改用适当的抗生素口服2周，对引起并发症的因素，如尿路梗阻、结石感染，须尽早发现和治疗，以免并发症的发生。
（2）一般治疗症状消失之前应卧床休息，疼痛发热和恶心等可用药物对症处理。鼓励多喝水或静脉补液，以维持足够的体液和尿量。
（3）疗效差者的治疗经48～72小时治疗后病情仍无改善，可能是抗生素的选择不当或有各种不利因素（如尿路梗阻）存在。这时应作排泄性尿路造影检查，有禁忌症时则采用逆行尿路造影，除非治疗及时有效，否则并发于尿路梗阻的急性肾盂肾炎可引起菌血症和不可逆的肾脏损害。
（4）随访临床改善并不等于感染的痊愈，三分之一的患者在症状完全改善后仍然有病菌的潜伏。因此治疗期间或治疗后必须重复进行多次尿培养，至少随访半年。
