1）要使进行性肾损害和功能损失降低到最低限度，则需严密随诊病人，严格控制尿路感染，及时发现和处理并发症，单侧萎缩性肾盂肾炎引起的高血压可能受肾素调节，此类病人经仔细评估后，如有适应症则可作患肾切除术。
2）特殊治疗①药物治疗有慢性肾盂肾炎证据的各年龄组患者，需及时诊断仔细治疗，并预防感染再发生。为根治尿路感染，需作药敏试验，选择适当的抗生素。如果为重新感染（特别是婴幼儿），则需长期、连续使用抗生素治疗。②手术治疗通过外科手术矫正患者解剖上的缺陷（尤其是尿路梗阻）和去除结石，影响药物疗效不同程度的膀胱输尿管返流也需手术治疗。
要防止慢性细菌性肾盂肾炎的肾瘢痕和进行性肾损害的发生，需要早期发现婴幼儿的尿路感染，仔细预防和治疗婴幼儿及成年人所有的尿路感染，尽早查出和手术矫正影响内科治疗的各种不利因素。
发病时的年龄、解剖缺陷、肾脏病的严重程度和尿路感染的疗效等决定着慢性肾盂肾炎的预后。慢性肾盂肾炎一般不演变成为需作透析和肾移植的慢性肾功能衰竭，但治疗不彻底的婴幼儿慢性肾盂肾炎例外。
