乙肝病毒dna复制周期开始于共价闭合环状dna（cccdna）转录为前基因组rna。cccdna可十分稳定的存在于肝细胞核中。hbv一旦感染人体，cccdna就难以消失。乙肝病毒携带者，肝细胞分裂为子代细胞时，cccdna随之也复制到子代肝细胞中。而乙型肝炎病人，肝细胞大量坏死后，肝脏再生新的细胞，cccdna就会重新感染再生细胞，cccdna继续复制。所以hbvcccdna很难消失。
资料表明，cccdna的半衰期为33～70天，只要肝细胞中还存在cccdna，乙肝病毒的复制就不会停止，即使在药物的强烈抑制下，肝细胞中的cccdna仍然在少量复制，补充到cccdna库中。因此停用药物后，多会恢复复制。ifnα由于有免疫调节作用，因此在停药后会有持续效应，能持续抑制cccdna的复制，最终耗竭cccdna库，从而使cccdna消失。不过一般多需要较长期用药。而拉米夫定虽然在用药时对cccdna抑制作用强，但由于它没有免疫调节作用，停药后也就没有后续效应，从而很难耗竭肝细胞内cccdna库，因此停药后很容易复发。
cccdna的消亡取决于感染肝细胞。慢性乙型肝炎患者，5～40%的肝细胞被感染乙肝病毒。感染肝细胞源源不断地复制cccdna，并分泌到血清中。血清hbvdna的转换半减期是1.2日。也就是说，血清中hbvdna在1天以后，约有50%是新复制的病毒。正常情况下，健康肝细胞的半衰期是200余天。而慢性乙型肝炎，在炎症活动时，肝细胞破坏、坏死较快，半衰期约为10天，因此每日可减少7%的感染肝细胞（此时如不治疗，再生肝细胞仍可被感染）。如果炎症静息，肝细胞的破坏延缓，半衰期约为100天，这样每日可减少0.3%的感染肝细胞。由此可见感染肝细胞的清除是非常缓慢的，而再生肝细胞或子代细胞又被再感染，因此cccdna很难彻底消亡，可以说，cccdna和肝细胞是“共存亡”。尤其是炎症静息时，感染肝细胞相对长寿命，cccdna更难清除。
