肺炎是病原体在肺部兴风作浪的结果，因此，药物治疗应该针对具体的病原。在临床上，病原学诊断往往需要一定时间，因此一开始需要经验性抗菌药物治疗。
肺炎链球菌是细菌性肺炎的最常见原因，其感染引起的大叶性肺炎是典型肺炎。常有受凉、疲劳、病毒感染等诱因，有咳嗽、周身不适和肌肉疼痛等上呼吸道感染的症状，然后出现体温迅速上升至38摄氏度以上，出现咳嗽、血丝或铁锈痰和胸痛。发热5—10天后体温多能自行下降，如果抗生素有效，1—3天体温就能恢复正常。
对青霉素敏感的肺炎球菌株，青霉素是首选药物。但约25%的肺炎球菌对青霉素耐药。对高度耐药菌株的治疗，应根据体外药敏试验选择药物。一般来说，大剂量青霉素、头孢噻肟或头孢曲松对大多数耐药菌株有效。另外，新一代喹诺酮类药物（如左旋氧氟沙星、司帕沙星、格帕沙星等）也是青霉素耐药菌株的常选药物，可以作为青霉素敏感菌株治疗的备选药物。万古霉素是唯一一种具有持久活性的抗生素，对所有肺炎球菌均有效，因此对青霉素高度耐药的重症患者可首选此药。
衣原体、支原体、军团菌等引起的非典型肺炎，对某种特别的抗生素敏感，因此诊断明确后应“对症下药”。另外，肺炎的支持治疗也很重要，包括卧床休息、补充液体及止痛等，缺氧的病人应吸氧。
