抗菌药不一定比别的药副作用大，但是其使用机会多和使用人群广，因此，存在些许副作用也可影响许多患者。其中，抗菌药对肝功能影响就是需要注意的问题。以下例举的抗菌药（均为通用名）都有引起肝功能障碍的报道，虽然并不多见，但也应在使用过程密切注意，必要时应进行肝功能检查。特别是已有肝功能障碍患者应慎重使用。青霉素类天然型青霉素比合成型青霉素（如阿莫西林、氨苄西林、哌拉西林等）引起肝功能障碍少见。
出现此种情况应立即检查肝功。如有异常，立即改用其他抗菌药。有报阿莫西林/克拉维酸钾合剂可引起重症肝功能障碍而导致死亡。头孢菌素通过变态反应引起肝功能障碍。临床并不多见，轻度反应可出现短时转氨酶升高。但迄今已有因使用头孢唑林、头孢替安和头孢美唑引起需要住院治疗的肝功能障碍的患者。有报道，头孢曲松可引起严重肝功能障碍。
少量长期口服四环素可引起肝功能障碍，并有持续黄胆，多发生在用药5周以内（长期使用四环素治疗青春痘要注意）。用药1年以上有引起自身免疫性肝炎的危险。另外，据世界卫生组织报道，因使用米诺环素（二甲胺四环素）可有6%的人出现肝功能障碍，多发生在用药后3周到数月。红霉素类发生肝功能障碍比较少见，如发生，多在用药后数日至20日前后。
