本病的致病因子主要是l1、l2、l3血清型的沙眼衣原体属。沙眼衣原体是主要的粘膜感染性疾病的病原体，如沙眼、非淋菌性尿道炎都是由于沙眼衣原体引起的疾病。沙眼衣原体有不同的血清型，而不同的血清型能引起不同的疾病。人是沙眼衣原体的天然宿主。1935年宫川氏等从病灶局部取材涂片检查，以及从实验动物的猴脑、脊髓、睾丸及淋巴结中抽出液体涂片做姬姆萨染色，均发现深天蓝色小体，称为宫川小体。60年代通过电子显微镜观察及细胞培养法对本病病原体进行研究，结果证明此小体与沙眼、鹦鹉热的病原体的性状有相似之处，与典型的病毒则不同，被命名为衣原体。
本衣原体在人体外比较稳定，能保持生活力2—3日，在去氯自来水中至少能活5日,50℃30分钟或95—100℃1分钟均可被灭活。紫外线、干燥、75%酒精、2%来苏水和2%氯胺可杀灭。对广谱抗生素和磺胺制剂敏感，对青霉素和氨苄青霉素稍敏感，对链霉素、庆大霉素及呋喃西林等耐药。目前已称为性病淋巴肉芽肿衣原体。
