（1）利用好术中美蓝示踪，尽量切净小的分支或瘘管。在进行美蓝示踪时，大的囊肿或瘘管只要细致操作，防止美蓝污染术野，一般可有很好的效果。对于小的囊肿或小的瘘管，可结合术前的b超定位分析，不注射美蓝。然后在分离时不要牵拉断瘘管或小分支，沿分支或瘘管分离到舌骨后，切除舌骨中段约1.5cm。电凝舌骨断端，然后环形缝扎。
（2）舌骨切除的范围要足够。从甲状舌管囊肿的胚胎发育来看，囊肿和瘘的瘘管并不都从舌骨中央穿出。可从舌骨体中段的不同部位穿出，亦可不穿出舌骨而穿过周围组织。其瘘管可为多根或单根。horisawa等发现，在舌骨水平，甲状舌管最远的分支距中线距离是0.24～0.96cm。因此要求切除舌骨至少1.0cm，并切除其附着组织。一般切除舌骨1.5cm左右。
（3）对于反复感染或复发的病例，是首先要控制好感染，待炎症消退2月后手术。其次，术中尽可能切除所有的瘢痕组织、瘘管和囊壁，如不能切除的可以用电凝烧灼。
