小肠完全型肠上皮化生此型在肠上皮化生中占多数。由小肠型吸收细胞、杯状细胞及潘氏细胞组成。细胞分化成熟，排列整齐，与正常小肠黏膜相似。吸收细胞呈高柱状，细胞游离缘有刷状缘。电镜观察，微绒毛发育良好，平行密集排列。杯状细胞分散在细胞之间，胞浆透明，分泌氮乙酰化唾液酸黏液，ab-pas染色为蓝色。潘氏细胞位于化生腺体的底部，呈三角形，胞浆内有嗜酸性颗粒。
小肠不完全型肠上皮化生由黏液柱状细胞和杯状细胞组成，无吸收细胞和潘氏细胞。柱状细胞分化不成熟，无刷状缘结构，分泌中性及氮乙酰化唾液酸黏液。杯状细胞分泌氮乙酰化唾液酸黏液。
大肠完全型肠上皮化生由大肠吸收细胞及杯状细胞组成，无潘氏细胞，与大肠黏膜相似。大肠吸收细胞无明显刷状缘结构，但在电镜下可见少数短的微绒毛，胞浆内有较多溶酶体及脂滴。杯状细胞较多，体积较大，分泌硫酸黏液，hid-ab染色呈黑色。有时还分泌氧乙酰化唾液酸黏液，pb-koh-pas染色为红色。
大肠不完全型肠上皮化生由黏液柱状细胞及杯状细胞组成，无吸收细胞及潘氏细胞。柱状细胞呈高柱状，核排列稍不整齐。小凹深，弯曲，腺体分支。柱状细胞分化不成熟，分泌硫酸黏液，有时还分泌中性黏液。杯状细胞分泌硫酸黏液及氧乙酰化唾液酸黏液。
