有文献表明,在cap病原谱构成比中,非典型病原体占12%。但近年的研究却发现,在门诊治疗的cap中肺炎支原体血清学检测阳性率达13%~37%,肺炎衣原体为17%,军团菌为0.3%~13.0%。在住院cap患者中非典型病原体较门诊更常见,有报告称高达40%~60%。
过去认为,非典型病原体主要见于青壮年cap患者,但近来发现,非典型病原体在老年人中亦呈渐进性增加趋势。由于非典型病原体的不断检出,北美专家强调,cap的初始经验性治疗应覆盖非典型病原体。加拿大胸科学会和感染病学会、ats和美国感染病学会（idsa）的cap指南均推荐初始经验性治疗应覆盖非典型病原体。但由于非典型病原体培养分离困难,而且其是否可成为肺炎病原还有待商榷,cap初始治疗覆盖非典型病原体的观点也并未得到世界公认,因此欧洲（包括英国）指南指出,初始治疗仅在疗效不佳时才考虑覆盖非典型病原体。
ats提出初始cap治疗必须覆盖非典型病原体,原因之一是因为有随机临床试验表明,联合大环内酯类和单用氟喹诺酮类药物30天的患者住院病死率低。西班牙的一项研究对638例分离到肺炎链球菌的cap患者应用不同的初始抗菌治疗。结果显示,死亡相关因素和用药类型无关。mills等对6749例非重症cap患者的病例资料进行统计分析,结果表明,治疗失败的相对危险因素与是否覆盖非典型病原体无关（rr=0.97,95%ci0.87~10.7）。进一步亚组分析表明,仅在军团菌感染组,治疗覆盖非典型病原体后才显示出死亡危险度降低（rr=0.40,95%ci0.19~0.85）。然而,2007年idsa/ats发布的cap新指南并未采纳mills的研究结果。以上结果表明,cap初始抗菌治疗是否都需要覆盖非典型病原体尚需进一步研究。
