有证据提示本病存在免疫调节异常。本病的含iga1循环免疫复合物中，发现有多聚的iga1类风湿因子。抗α重链fab片断的igg抗体增多而igm抗体减少。有趣的是hiv感染者也存在类似的抗免疫球蛋白模式，却不发生肾脏iga沉积。这证明单单这些循环的自身抗体存在，并不是系膜iga沉积的原因。此外目前还发现了二种抗内皮细胞的自身抗体（属igg）。本病肾组织中常有c3沉积，提示激活了补体旁路途径。然而iga本身无激活补体的能力，iga免疫复合物虽可激活补体旁路途径，但它结合补体和c3b的能力很弱。通常认为在肾脏发生补体激活和形成膜攻击复合物，需有igg-iga复合物，但是本病肾组织中有iga和c3沉积而没有igg或igm沉积却很常见。因此，本病补体激活的机制尚不清楚。细胞免疫也参与了发病机制。已发现本病可有t辅助细胞（cd4）增加和t抑制细胞（cd8）减少。具有转换igm合成为iga合成的ta4细胞增加，与之有关的sa1等位基因的频度也增加。引起iga同型转换的tgfβ、促进产生iga的b淋巴细胞分化的il-5和介导iga产生的il-4形成均有增加。虽然t细胞和b细胞均参与了增加iga合成的过程，但iga合成增多并不是系膜区iga沉积的原因，因为在iga多发性骨髓瘤病人中罕见有组织iga沉积。因此，结构-免疫学/理化异常才可能是系膜iga沉积的原因。
本病病人血清和系膜中可检出抗牛血清白蛋白多克隆基因型抗体，其滴度与血尿相关。最近，有人用从病人肾皮质和肾小球中获得的iga得到了5种单克隆抗基因抗体，它们与病人血清或浆细胞反应差，而与其肾脏组织有很高的反应率，提示肾脏的沉积是与这些多克隆iga抗体的异常性质有关。此外，在本病病人中发现有β1，3-半乳糖转移酶缺陷，改变了iga1或含iga1的复合物清除率，导致iga1在系膜区沉积。
