1、小龙虾分布水域可能遭到污染，龙虾身体会带有各种外源性毒性物质，在烹调龙虾若不能去除这些毒物，会对健康带来威胁。养殖的龙虾水源有保证，但市场销售的很可能混有非养殖龙虾。
2、重金属生物富集作用，小龙虾会摄食腐败食物，如动物尸体，当水体有重金属污染或它所吃的腐败物已经富集重金属，故小龙虾可能带有重金属;但由于小龙虾属于基本初级消费者，所以不具有很强的富集效应。
3、小龙虾本身可能就是毒性物质，它的某些自身成分，尤其是蛋白质，在烹饪火候不够时或盘碟盛过生小龙虾，这些活性蛋白被食用后给人体带来伤害，比如过敏，食物中毒等。
小龙虾含有细菌和病菌与寄生虫比较多，加工不彻底会对孕妇及胎儿造成危害。因此孕妇最好不要吃小龙虾而改吃其他的海鲜。
