尿石症的主要病因为钙磷代谢紊乱以及其他因素。而患者对代谢紊乱方面比较关心。虽然尿结石的形成与代谢紊乱两者之间的关系仍无最终结论，但是经过医学科研人员多年的研究认为钙磷代谢紊乱可引发高钙尿、高草酸尿、高尿酸尿、胱氨酸尿、黄嘌呤尿、低枸橼酸尿等。具体病因可分为
（1）高钙尿高血钙、甲状旁腺功能亢进、原发性远端肾小管酸中毒、髓质海绵肾、类肉瘤病、维生素d中毒、乳碱综合征、长期卧床、cushings综合征、甲亢、特发性高钙尿（吸收性高尿钙）。
（2）高草酸尿原发性高草酸尿、维生素b6缺乏等。
（3）高尿酸尿痛风、高尿酸血、高尿酸尿、白血病、真性红细胞增多症、先天性酶缺陷（如糖原贮疾病）、舞蹈手足徐动症等。
