日本纳豆的传统做法也很简单，“纳豆实际上是将大豆煮熟后发酵的产物。”科学松鼠会成员、科普作家、《吃的真相》作者云无心解释说，传统的发酵放在稻草中进行。将煮熟的大豆趁热装在用稻草做成的器皿中，利用稻草上附着的纳豆菌自然发酵即可。“后来从中分离出了负责把大豆变成纳豆的细菌，习惯上称为纳豆菌，其实就是一种枯草杆菌。现代的纳豆生产可以使用经过纯化培养的纳豆菌来进行，从而使得纳豆的生产更加方便可控。”
纳豆主要成分
水分61.8％
粗蛋白19.26％
粗脂肪8.17％
碳水化合物6.09％
粗纤维2.2％
灰分（固体无机物的含量）1.86％
发酵后豆制品消化吸收率普遍提高
“不光是纳豆，所有的豆制品对于健康都有益处，而发酵的豆制品更有利于许多有益成分如蛋白质、细菌产生的功能蛋白的吸收。”云无心说。“与别的发酵豆制品相比，纳豆未必有多独特。纳豆之所以赢得更多关注，只是因为对它进行了比较深入的研究，因而在宣称纳豆‘保健功能’的时候多少有一些科学数据支持而已。”
“中国营养学会的居民膳食指南推荐每人每天食用不超过150克的豆制品，我认为如果有人愿意将纳豆配到每天的食物摄取中没有坏处，对身体有营养价值。但要注意量。”中国农业大学食品学院营养与食品安全系副专家、食品科学说，“大豆的蛋白质具有不溶解性，做成纳豆后，变得可溶，并产生氨基酸，原料中不存在的各种酵素，由于纳豆菌及关联益生菌产生，可以帮助肠胃消化吸收。发酵后的豆制品，蛋白质的利用率提高，妨碍消化吸收的比率会降低。”
