发达国家的小儿肺炎以病毒病原为主，发展中国家小儿肺炎以细菌病原为主。一般支气管肺炎由细菌所致者，流感嗜血杆菌和肺炎链球菌占细菌性肺炎的60%以上。
葡萄球菌也是一种重要致病菌。链球菌、大肠杆菌、肺炎杆菌、绿脓杆菌在婴幼儿肺炎中较少见。细菌毒力与细菌的结构有关，有荚膜细菌可以抵御噬菌作用，毒力较大。同一种细菌按荚膜成分不同的而分类若干血清型。不同型细菌的荚膜不同，毒力也不同。流感嗜血杆菌分为a-f六个血清型。其中b型毒力最大，是小儿败血症、脑膜炎和肺炎的主要致病菌之一，荚膜多糖为核糖磷酸。流感嗜血杆菌引起的小儿肺炎常继发于支气管炎、毛细支气管炎或败血症，3岁以前较为多见。无荚膜的流感嗜血杆菌为不定型，毒力小，一般只引起上呼吸道感染。β溶血性链球菌可以在麻疹或百日咳病程中作为继发感染出现，但不多见，而其中b族溶血性链球菌是国外新生儿肺炎的常见病原菌，国内尚未引起足够重视。凝固酶阳性的金黄色葡萄球菌也是小儿重症肺炎的常见病原菌。凝固酶阴性葡萄球菌（主要指表皮葡萄球菌）近几年来国内分离较多，但因其为条件致病菌，培养过程中易污染，须结合临床判断是否确为肺炎的病原菌。大肠杆菌所引起的肺炎主要见于新生儿及营养不良的婴儿，也可继发于其它重病的过程中，肺为杆菌肺炎及绿脓杆菌肺炎较少见，一般均为继发性。
间质性支气管肺炎大多数由于病毒所致，主要为腺病毒、流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒和麻疹病毒等。间质性支气管肌炎也可由于流感嗜血杆菌、百日咳杆菌、链球菌中某些型别及肺炎支原体所引起。
