妊娠会加重甲亢患者的生理负担，使其甲亢症状加重，恶化孕妇的病情。
一旦怀孕，妊娠高血压综合征的发病率比正常妊娠组高10倍，可能诱发甲状腺危象，威胁病人生命。
如果孕妇在妊娠期间必须服用抗甲状腺药物，这样会抑制胎儿的甲状腺功能，因而造成胎儿先天性甲状腺功能低下症（甲低），导致出生后的呆小症。
如果妊娠中采用了放射性碘来治疗甲亢，则这个胎儿会因为接触过多放射线的影响，造成严重后果，应终止妊娠。
重度或久治不愈的甲状腺机能亢进病人，不宜怀孕，一旦怀孕，应作人工流产术。甲亢病人如妊娠，应列为高危妊娠，于妊娠全过程中应在产科及内分泌科共同监护下度过孕产期。
无论甲亢或甲低，病情轻者均不影响怀孕，但其流产或死胎率较高，病情严重的男性患者可出现性欲减退，阳痿，精子数目减少及不育，女性患者甲低时多为月经过多、过频。如不治疗，也可导致不孕。
如果孕妇发生了甲状腺低下症，这时胎儿的影响比患甲亢更大，胎儿的流产率和围产期死亡率增高。
