长期便秘可使全身各器官系统的功能发生改变。首先，便秘使人排便时久蹲，反射性影响全身，出现头痛、眩晕、虚弱和食欲下降、乏力等。便秘使粪便留滞肠内，引起腹胀，使腹肌上升，反射性影响心率及冠状动脉血流量。用力排便动作过程可导致心律失常，影响呼吸或加剧呼吸困难。便秘对于脑血管畸形、高血压患者来说，是一种危险的信号，因为用力排使可使之出现脑溢血。这是因为，便秘者要用力屏气排便，腹壁肌肉因此而强力收缩，导致腹压升高，腹腔里的血管受到的压力骤增，迫使大量血液回流心脏，使心脏负担加重，促使血压升高。这对脑血管硬化的老年人，或是已经催患高血压、冠心病、脑血管畸形的病人来说，即可导致脑溢血。
便秘对心理的影响亦较大。可导致患者烦躁不安、注意力不集中、工作效率下降。长期便秘者可产生对药物的依赖感，进而出现精神紧张、焦虑、抑郁、沮丧乃至悲观厌世情绪。
人们普遍认为，肠癌和便秘有直接关系。目前这一认识被科学研究所证实。国外一研究小组，从人类粪便中分离出一种与结肠癌有关的强烈致癌突变原，并证实，这种致病突变原是由至少5种肠道细菌在肠道存积粪便中发酵之后产生的，与目前已知的最强的致癌物有类似之处。很显然，便秘是导致细菌在肠道发酵的罪魁祸首。
