1、早期发现，诊断，隔离和治疗病人和带菌者，是控制菌痢流行的关键。对儿童机构及饮食行业工作人员，应定期检查，发现病人及带菌者，应及时处理和彻底治疗。对菌痢串者应在症状消失后，共大便培养连续两次阴性方可解除隔离。
2、应从加强环境卫生，饮食卫生和个人卫生等多方面着手。切实做好“三管一灭”，即加强饮食，水源，粪便的管理和消灭苍蝇。把好“病从口入”关，尽量做到四个不吃，不吃生冷蔬菜，饮食。不吃不洁瓜果。不吃变质食物。不吃未经彻底加热处理的剩饭剩菜。个人要养成饭关便后洗手的良好。
3、在菌痢流行季节，多吃生大蒜，可起到一定的预防作用。也可选用马齿苋，白头翁，黄连，桉叶等中草药，进行集体预防服药。
