慢慢性咳嗽即持续咳嗽超过3-8周，这在内科门诊很常见。胃食管反流被认为是慢性咳嗽的重要诱因已有30年了。21%的慢性咳嗽是因胃食管反流所致。
哮喘发作流行病学已证实了胃食管反流与哮喘的关系，并将胃食管反流列入哮喘重要的诱因。胃食管反流被认为是难治性哮喘、非过敏性哮喘。夜间发作性哮喘等病的潜在诱因。为什么胃食管反流可以引发哮喘?主要机制为①可能由于胃反流物误吸而导致哮喘。②由于神经反射机制导致哮喘。
阻塞性睡眠呼吸暂停综合征研究发现，阻塞性睡眠呼吸暂停综合征患者比正常人更易患胃食管反流。阻塞性睡眠呼吸暂停综合征患者中，46.8%与胃酸反流有关。在治疗呼吸暂停后可减少胃食管反流。
特发性肺部纤维化国外学者研究了不明原因肺部纤维化患者的胃食管钡餐检查结果，证实食管裂孔疝和胃食管反流的发生率较高。长时间反复的少量气管支气管的胃酸吸入，可能会导致肺间质纤维化。
此外，在老年人中胃食管反流还可导致肺炎的发生。
