甲亢的药物治疗通常分为控制期、减量期和维持期三个不同阶段，不同的阶段，抗甲状腺药物的用量和时间都不一样。“控制阶段”所需的药物剂量较大，目的是在较短的时间内将病人过高的甲状腺激素水平降至正常，时间大约需要4周~6周。待病人甲功（ft3、ft4、tsh）降至正常水平以后，就进入“减量阶段”，此时应逐步减少抗甲状腺药物的剂量，以防矫枉过正，出现“药物性甲减”，一般每两周减一次，每次减1片～2片，这个过程大约需要2个月～3个月。当抗甲状腺药物减至每天1片～2片左右（他巴唑5毫克～10毫克/天或丙基硫氧嘧啶50毫克～100毫克/天）而甲功依旧正常，此时不能停药，而应继续用小剂量长期维持，“维持阶段”大约需要1.5年～2年甚至更长。
然而，有些甲亢病人经过药物治疗，症状完全消失或是“甲功”恢复正常以后就擅自停药，这样做非常不妥，极易复发。一般而言，药物治疗甲亢的疗程至少需要1.5年～2年，如果有家族史、治疗复发者，服药时间还需进一步延长。切不可过早停药，也不能用用停停，否则极易导致甲亢复发。一般认为，只有同时满足下列几个条件方可停药①甲亢症状完全消失，甲状腺缩小，血管杂音消失，突眼改善。②甲功（ft3、ft4、tsh）恢复正常，甲状腺刺激性抗体（tsab）转阴。③药物维持剂量小。④总的疗程达到两年以上。
