第一代杀菌剂是依靠清洁剂对病毒外壳的腐蚀作用来消灭病毒的，少了清洁剂还不行，因此必须开发新的思路。第二代杀菌剂采用的是非专一性的防止传染方式，也就是说它们能阻止大部分细菌和病毒的传染。如正在进行ⅲ期临床试验的两种新药carraguard和pro2000，都含有硫化多糖，能够阻断病毒和阴道细胞的结合。还有一类新药能够保持阴道内的酸性环境，消除碱性的精液对酸性阴道分泌液的中和作用。绝大多数病菌（包括艾滋病病毒）不能在酸性条件下存活，因此这样做也能保护阴道壁不受外来病菌的侵犯。这类药物的代表是buffergel和acidform两种新药。
世界经理人科技（tech.icxo）消息第三代杀菌剂采用比较专一的办法来抵抗艾滋病病毒的入侵。比如一种名叫pmpa的新药能够阻止艾滋病病毒的复制，还有几种处于实验室阶段的新药能够专一性地杀死艾滋病病毒。这类药技术含量很高，需要更多的研究投入。值得一提的是，有些妇女天生对艾滋病病毒具有抵抗能力，搞清她们的秘密有助于开发更加高效的杀菌剂。加拿大曼尼图巴大学的科学家在这次大会上报告了一个新发现，他们调查了2250名肯尼亚女性性工作者，发现其中有80%的人都是hiv携带者，但是却有一些妇女在工作了10多年后仍然没有感染hiv。科学家们提取了这些妇女的阴道分泌物，发现其中一种名为trappin-2的蛋白质含量比对照组高。研究表明，这是一种人类独有的蛋白酶，很可能具有杀死艾滋病病毒的功效。他们正在进一步研究trappin-2的性能，希望能够用来制造专一而又高效的杀菌剂。
