到现在为止，外科手术仍然是胃肠道间质瘤的根治手段。但即使经彻底手术切除，胃肠间质瘤复发率仍高达40%～。而复发的部位通常局限于在腹腔或肝脏，再晚期的病人也不会发生肺转移和骨转移，淋巴结转移也非常罕见。
对于外科医生来说，这个肿瘤就像割韭菜一样，割了又长，长回来的还更扎实，有的病人甚至做过多次手术，长出来再切，切出来再长，因此过去有医生开玩笑说“得了这个病，就是开刀开到不能开为止”。
靶向治疗实现个体化
由于胃肠间质瘤对传统的放疗、化疗不敏感，所以过去除了手术以外，医生拿它没办法。但分子靶向药物的问世，使得间质瘤的治疗获得突破性进展。
有证据显示，口服甲磺酸伊马替尼可使50％以上的恶性转移或手术不能切除的间质瘤病人取得明显的疗效。但是，伊马替尼耐药的情况时有发生，有10%—的病人出现原发性耐药，大约半数的病人在服用2—3年后出现耐药。一线药物治疗失败，并不等于病人失去希望。苹果酸舒尼替尼作为替补，在后伊马替尼时代，有的病人服药两年多后依然健在。而目前，胃肠间质瘤在二线治疗之后还有三线跟上，索拉非尼、尼洛替尼等都可在一定程度上对间质瘤进行有效控制。
现在，临床发现对病理标本进行多个靶点的免疫组化和基因检测分析，可以更好地避免伊马替尼耐药情况的发生，病人可以根据检验结果决定采取哪种靶向治疗药物，服用多少剂量。这种个体化的治疗方案是未来胃肠间质瘤治疗的趋势。
