一般熟练医生在3-5分钟内即可完成胃镜检查（包括拍照、取活检等操作），遇到复杂患者也极少超过10分钟。因而多数患者是可以承受的。胃镜检查一般不会产生疼痛，主要不适是恶心和感觉到呼不出气。由于患者的恐惧心理和胃镜通过咽部插入食道时的反射，多数患者会有暂时憋气，这就似一个不会游泳的人掉在水里一样，会不自主憋气。当患者实在憋不住后才呼气，就会出现恶心。因而胃镜检查时患者不憋气和调匀呼吸是关键。
由熟练的医生进行胃镜操作，检查时患者的不适程度主要由患者因素所决定，一般高度恐惧、中青年、男性、体型较胖、吸烟、刷牙容易恶心的患者，胃镜检查时反应较大，不适程度高。这些患者可通过使用镇静药物使他们处于无意识状态而消除检查时的不适，即可采用“无痛”胃镜检查。
3.胃镜检查会加重出血
上消化道出血是胃镜检查的指征之一，但当医生动员患者做胃镜检查时，部分患者和家属会有顾虑，担忧胃镜检查会加重出血。实际上这种顾虑是无需要的。胃镜检查在直视下进行，也就是说在直接看见食道、胃、十二指肠黏膜的情况下进行检查，因而一般不会碰到病灶加重损害，除非是食道静脉曲张破裂出血，患者配合不佳，剧烈恶心，间接造成出血。
