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百日咳病程长，可持续2~3个月以上，所以对孩子的健康影响很大。因此一旦发现孩子患有百日咳应及早进行治疗。
对于百日咳患儿应及早选用抗生素，以清除鼻咽部的百日咳杆菌。如红霉素每日每公斤体重50—100毫克，分2次肌内注射。也可酌情使用复方新诺明或增效联磺片，每次半片，日服2次。以上抗生素应连续应用7~10天。
如使用某一种抗生素5天不见效时，可另换一种，如果同时使用2种抗生素也并不能提高疗效，因此以单用为好。在应用抗生素过程中，家长应注意观察以便早期发现其不良反应。
据法国医学杂志报道，对于痉挛性咳嗽，用其它药物不能控制时，可使用维生素k，可获得很好的疗效。其理论根据虽然不清楚，但治疗效果比较明显。
用法是小于一岁的孩子每日肌内注射20毫克。大于一岁者，每日肌内注射50毫克。
