较常见的有急性或慢性胃炎、胃溃疡，急性或慢性肝炎、胆囊炎，生殖系统疾病，神经官能症等。在临床上，柴胡疏肝丸对乙型肝炎的症状有良好的治疗效果，对急、慢性胃炎、胃溃疡以及胆囊炎等也有很好的疗效。此外，对女性的经前期综合征、男性的不射精症等西医较难治愈的疾病，柴胡疏肝丸也有较好的疗效。当然，对这些西医诊断的疾病，必须经过中医辨证为肝气郁结、气滞血淤时，用本方才能起到应有的疗效。
例如，逍遥丸也有疏肝解郁的功效，但逍遥丸以疏肝补脾为主，主要用于肝郁脾弱血虚者。柴胡疏肝丸没有补脾的功能，而以疏肝理气的作用为主。服用本方，这些您要注意◆本方疏肝解郁效力较强，对肝气郁结的患者，用之往往起效较快。但应用时必须细心辨证，注意随证配用其他药物，以求达到最佳治疗效果。◆本方药性整体上偏温，阴虚血少的患者须慎用。
◆如服用本方期间出现口燥咽干、舌红少苔、心烦失眠等不良反应时，必须立即停药。在咨询中医大夫进行调整之后，才能继续用药（如加服滋阴药物等）。◆此方兼有一定的理气活血作用，孕妇不可轻易服用，在肝气郁结较明显时，才可在中医师的指导下考虑此方。
