粪便显微镜检查是临床常规检查的主要内容，用于检查各种有形成分，如细胞，寄生虫，结晶，细菌，真菌。
粪便显微镜检查正常值白细胞无或偶见/高倍镜视野。红细胞无/高倍镜视野。上皮细胞无或偶见/高倍镜视野。巨噬细胞无/高倍镜视野，食物残渣，肌纤维少量。
脂肪小滴少于6个/高倍镜视野。
1、红细胞见于下消化道出血、肠道炎症、肠结核、结肠肿瘤等。
2、白细胞易在粘液中检出。若其形态破坏、结构模糊者则称为脓细胞。检出白细胞表示肠道有炎症，其数量多少一般可反映肠道炎症的程度。
3、巨噬细胞由单核细胞而来，见于菌痢、溃疡性结肠炎。
4、肠粘膜上皮细胞整个小肠、大肠（除直肠齿状线处外）粘膜的上皮细胞均为柱状上皮，生理情况下，少量脱落的柱状上皮细胞多已破坏，粪便中见不到。炎症时可增多而呈卵圆形或柱状，常夹杂在白细胞之间。
5、肿瘤细胞取乙状结肠癌、直肠癌患者的血性粪便涂片、染色、镜检可能找到成堆的癌瘤细胞。
