患者在进行雌激素替代疗法之前，必须知道并承担诱发子宫内膜癌、乳腺癌、卵巢癌、心血管疾病等风险，另外还有水钠滞留、血压增高、胆结石、血栓栓塞、胃肠道反应、乳房涨痛、阴道分泌物增多等不良反应。
如何选择给药途径和剂型
雌激素替代疗法的用药方式分为口服和外用。
口服最为常见用，但药物进入血液循环后再作用于靶器官，故血液中雌激素浓度易于波动，而且对肝代谢有一定影响。但也有人认为，口服雌激素的肝首过效应可以使血液循环中的脂蛋白浓度呈现有益改变，对心血管有保护作用。
非口服的经皮治疗系统主要包括皮肤贴剂、皮下植入、乳膏或乳胶。皮下植入可以避免肝首过效应，直接达到靶器官，并能稳定的释放。但需要进行一个小手术，而且雌二醇的剂量不能随意控制。此外，经皮给药的方式虽然使药物吸收均匀，但长期用药时需口服孕激素。
非口服的经阴道应用制剂包括乳膏、片剂、栓剂和硅胶环。虽然给药方便，但仅适用于泌尿生殖系统的不适症状，而且药物吸收不稳定。
