手术是目前治疗肛瘘的唯一手段，手术的成败直接关系到肛瘘的预后。手术不理想则易使疾病复发，创口久不愈合。
1.确定内口找准内口，并处理好内口是彻底治愈肛瘘的重要条件。内口没找准，处理不妥善，容易引起肛瘘复发。
2.必须彻底清除管壁组织及坏死组织，包括所有的支管。这样一期缝合的创口感染率大大降低，减少复发。
3.保护好肛门括约肌功能在高位肛瘘的治疗中，内口位置高，在肛管直肠环上方，管道穿过括约肌深层和肛管直肠环，直接切开瘘管易损伤肛门括约肌功能，使肛门失禁。所以对高位肛瘘的病人应采取挂线疗法使肛管直肠环慢性切开，起到保护肛门括约肌功能的作用。
4.创口的护理现在本人对肛瘘手术有条件的都采取一期缝合，除了肛瘘的感染期，腐败组织很难清除干净外。术后创口应严格按照外科护理常规每天换药，7-9天拆线。否则创口感染、延期愈合。
5.高位肛瘘挂线术后的紧线问题紧线应根据创面的生长情况和橡皮筋的松紧度而定。第一次紧线大约在术后一周以后，每周紧一次，大约紧2-4次就可使皮筋脱落。瘘管深、挂线组织多，皮筋松弛较慢，创口生长缓慢，则要相对延迟紧线时间，紧线次数也增加。挂线组织少，创口生长快，皮筋易松弛，则术后一周就可紧线，一般紧个二次就会脱线。紧线过勤过早，而创口的生长缓慢，则易引起肛管缺损、粘液遗漏的后遗证。
