引起非典型肺炎的病原体很难通过培养获得,所以常规检查通常无法发现这些致病微生物。近年来的调查显示,非典型病原体所占比重持续增加。欧洲10国的26项前瞻性研究表明,在5961例cap住院患者中,3种主要非典型病原菌感染的发病率分别位列第2（肺炎衣原体）、第4（肺炎支原体）和第5位（嗜肺军团菌）。北美临床研究显示,在cap门诊患者中,非典型病原诊断率为30%~55%,住院患者为8%~44%。我国对cap致病原的初步调查结果显示,非典型致病原的检出率约为30%~33.6%。总体来说,导致cap的非典型病原体可占到近40%,各个年龄段均可感染,病情从轻、中度至重度不等。肺炎支原体和肺炎衣原体一般在门诊患者中常见,而军团菌在重症住院患者尤其是需入住icu的患者中常见。我国最近的流调显示,肺炎支原体和肺炎衣原体常作为cap混合感染的一部分,而肺炎链球菌和流感嗜血杆菌属于混合感染还是继发感染尚不确定,但混合感染无疑死亡率更高。2007年美国感染病学会/美国胸科学会（idsa/ats）指南建议,cap初始经验治疗应考虑覆盖非典型病原体。治疗非典型病原体感染的传统药物是红霉素。但近年来,新大环内酯类（阿奇霉素、克拉霉素、罗红霉素）和喹诺酮类（环丙沙星、氧氟沙星、左氧氟沙星、莫西沙星）抗生素的疗效要优于红霉素,在非典型肺炎的治疗中占主导地位。
