如为早期较局限的病人，可用激光、放射疗法和化学药物（如涂擦博莱霉素软膏）控制，但因大部分病人确诊时已到中晚期，最好还是采用手术治疗。对癌肿侵犯阴茎中段以上部位者，可施行阴茎癌根治截（切）除术，即从阴茎根部将阴茎全部切除，将尿道移植到会阴部;如癌肿侵犯阴茎中段以下者，则可施行阴茎部分截除术，即在癌肿边缘以上2-3厘米处截除部分阴茎，不需移植尿道，手术后，患者仍可站立排尿，并保留一定的性功能，可过性生活甚至生儿育女。
环切后预防阴茎癌最简便有效的措施是对包皮过长者在青年时期就尽早进行包皮环切术，以减少长期的慢性炎症刺激。犹太民族的男婴于出生后第8天即行包皮环切术，他们几乎不患阴茎癌;伊斯兰教男子在4-10岁时行包皮环切术，他们当中也很少有人患阴茎癌。故医学上一直主张早做包皮环切术来预防阴茎癌。至于什么时候做最佳，我国学者调查发现，20岁以前做过包皮环切术5年以上者，均很少发生阴茎癌。但婴幼儿或学龄前儿童做包皮环切术在手术、麻醉、护理和患儿心理上均存在一定的困难，因此，婴幼儿和学龄前儿童还是应以加强包皮卫生护理为主，经常督促或帮助孩子清洗阴茎和会阴、肛门区，注意将包皮轻轻上推，尽可能洗去包皮垢;包皮或阴茎发炎时，可用温盐开水或淡红色的高锰酸钾溶液泡洗，待急性炎症过后，再用肥皂水洗涤;勤换内裤，保持会阴部清洁干燥。如果到了少年期，包茎或包皮过长仍未改变，就要到条件较好的医院切除过长的包皮。此外，即使包皮正常，如有反复发作的包皮炎和龟tou炎，也不可掉以轻心，应尽早去医院检查诊治。
