带来积极作用、好转性质的阴转。有的患者通过药物治疗或其它方式等，出现乙肝病毒指标的阴转。最常见的是“大三阳”转为“小三阳”或是“小二阳”（即表面抗原和核心抗体阳性），有时甚至于转为e抗体和核心抗体阳性，这种情况多见于急性乙肝恢复后，慢性乙肝病毒携带者的自愈和自限，一部分患者经治疗后发生的积极反应。其特点是随着乙肝病毒指标的阴转，患者症状（食欲不振、疲乏、肝区不适、腹胀等）及体征明显好转，肝功恢复正常并长期保持稳定，乙肝病毒主要复制指标（e抗原、hbvdna）持续阴性。带来消极作用、恶化性质的阴转。有的患者反复用药治疗，有的患者未经特殊治疗，也会出现乙肝病毒指标的阴转，最常见的是“大三阳”转为“小三阳”或是“小二阳”，有时甚至于转为e抗体和核心抗体阳性。病毒指标虽然转阴了，病情却越来越严重。具体表现为症状、体征不断加重，疲乏劳累，腹胀纳差，面色萎黄或黎黑，肝掌，蜘蛛痣明显等等。肝功损害加剧，转氨酶、黄疸反复升高，白蛋白下降明显，球蛋白日见上升，凝血机制恶化。影像学检查揭示病情向严重方面演变。如果遇到这种情况，说明上述病毒阴转带来了不良的后果，这些阴转大都是病毒变异造成的。病毒变异的形式是多种多样的，变异的后果也是相当复杂的。病毒变异本身说明病毒是一种适应性极强的、生命力顽强的生物体，它并非那么容易被消灭。乙肝病毒前c区基因变异是最常见的一种变异，变异后，使乙肝病毒e抗原不能产生，以致检查e抗原为阴性，但它并不代表病毒复制的减轻或消失，病毒复制依然在暗中进行，使病情迁延不愈，容易发生肝硬化，甚至于发生爆发性肝坏死。另外，乙肝病毒的s基因区也可发生变异，其编码的乙肝表面抗原不能产生或表达，患者可出现表面抗原检查阴性，这在过去看来，是乙肝根本治愈的标志。而实际不然，它不仅导致医生的误判，还是导致乙肝疫苗接种失败的原因。因此，乙肝的抗病毒治疗是治疗的关键所在，但是从目前看，尚无绝对有效的药物问世。
乙肝的治疗仍然提倡保肝、提高免疫、抗纤维化及抗病毒等项综合治疗，单打一的治疗往往难以奏效，治疗过程中不必一味要求病毒指标阴转，而应首先强调肝功能长期正常及稳定。从目前临床看，乙肝治疗应把握这样一个原则任何一个迁延性或活动性的乙肝，其治疗的目标是将其恢复至乙肝的初始阶段，即乙肝病毒的携带状态，并使其长期稳定于此状态。对于乙肝病毒携带者，可视为基本正常状态，不必刻意用药治疗，只要做好复查、随访、预防等项工作即可。在实际生活中，应严格区分乙肝毒携带者和乙肝病人，前者可划归正常人群，无须特殊治疗。后者才是真正的病人，必须进行治疗。
