紧急避孕药对月经的危害：
紧急避孕药的主要作用是为了抑制排卵、阻止受精；也就是阻止受精卵在子宫内膜着床。只要受精卵不再宫腔膜上着床，那么就不会受孕，而是直接排除体外。而紧急避孕药恰恰是单纯的孕激素，可起到抑制、延迟排卵和抑制子宫内膜的作用。因此会使女性的月经周期延期，数据表明，有10%左右的妇女会出现月经延期，一般这个属于正常范围，但是超过预期下次月经时间7天，应做尿妊娠试验;如两周后仍未来月经，应及时去正规医院就诊。
由于个体差异的不同，服用紧急避孕药反应也有所不同。少数女性在服用紧急避孕药后，短时间内会有阴道出血发生，如其出血量与平时月经量差不多，可将其当作一次月经，出血干净后应立即采取常规避孕方法。
紧急避孕药对卵巢的危害：
由于紧急避孕药的药剂量是常规避孕药的十多倍，就是采用大剂量的药物来干扰卵巢的功能，控制排卵，产生一个比较好的避孕效果。因此，对女性的卵巢功能、肝肾的代谢等系统产生危害，这种危害有时甚至很难估量。即使选用，一年最好不要超过二次。
紧急避孕药对生育的影响：
紧急避孕药只能偶尔服用一次，虽然现在还没有具体数据和相关研究直接表明紧急避孕失败而妊娠者，新生儿畸形发生率会升高，但可以肯定的是，它会导致女性月经紊乱，这实际上已经间接地影响了以后的正常怀孕。
