弓形虫有嗜中枢神经系统的特性，主要侵犯人的脑组织，在脑组织中有着其生存的最适宜条件。所以，弓形虫又被认为是孕妇宫内感染导致胚胎畸形的五大病原体之首。
如果女性在怀孕期间检查出感染了弓形虫，可以导致孕妇流产、死胎或发生畸胎等不良结果。但并不是在宫内感染了弓形虫的胎儿都是死胎或者在分娩后马上死亡的，孕妇生下的胎儿中，有畸形儿或先天性缺陷儿，还有相貌无异常的先天性弓形虫感染新生儿。但是，随着新生儿的长大，在他们的儿童或者青少年时期85%左右会出现明显的后遗症，主要是眼和中枢神经系统损害.如视网膜病变、脑积水、颅内钙化、小头畸形、精神运动障碍甚至癫痫。
弓形虫首先对胚胎细胞产生直接损害。弓形虫经过血液感染胎盘后，可以通过胎盘屏障，直接浸染胚胎细胞和组织。在细胞内寄生并迅速繁殖，直到细胞被破坏，同时，又侵犯邻近的组织，如此反复的破坏，能引起细胞和组织缺损和所浸染组织的炎性反应。其次.弓形虫可以导致胚胎的细胞绝对数减少，细胞增殖受到影响，使胎儿的宫内发育迟缓;另外，弓形虫会使染色体结构发生改变。弓形虫在胚胎发育初期主要是破坏胚胎细胞.引起卵裂过程中的分裂不分离现象，造成染色体畸变，从而导致畸形的发生。
