牙签要用于牙间有空隙存在的情况下，牙签以45度角进入，尖朝向咬东西的牙面，侧缘接触于间隙的牙龈。然后用牙签的侧缘沿着牙面刮净牙面，特别是在凹的根面和牙根分叉的部位，可用牙签尖及侧缘刮剔，并可将牙面磨光。如果有食物纤维嵌塞，可做颊舌侧穿刺动作，将食物剔出，然后漱口。
要选择质地较硬、不易折断、表面光滑、没有毛刺及横断面为扁圆形或三角形的牙签，最好是购买市售成品牙签，要注意保侍清洁，不要用不干净的小木棍、铁丝、大头针或火柴棍来代替。
如果牙龈乳头正常，牙签只限于用在牙龈沟内，切不可将牙签用力压入牙间乳头区，因为这样会使本来没有间隙的牙齿间形成缝隙，食物更容易嵌塞，再用牙签去剔，久而久之，成为恶性循环，使牙间隙增大，牙龈乳头萎缩，既造成牙周病又影响美观和功能。
