若患有巨大巧克力囊肿（直径>。8厘米），不论是否妊娠，均建议手术治疗。因随着妊娠月份的增长将危及孕妇及胎儿的生命，孕期最佳手术时间为孕16周左右。专家告诫，如果错过了最佳手术时间，囊肿增大速度快，随着胎儿体积增大，子宫增大，手术视野暴露困难，术后伤口的缝合难度增加，且手术时子宫受刺激导致流产的危险增大。
卵巢巧克力囊肿可导致不孕
卵巢巧克力囊肿常发生在二十到四十岁的女性升上，可能是单侧的也可能是双侧的。患者卵巢巧克力囊肿的症状主要是小腹疼痛、大多是隐性不适感，白带增多有异味、月经周期不规律，女性有时会有性生活痛。除了会出现逐渐加重的痛经外，还会出现女性不孕的情况，给女性身体和家庭都带来影响。
出现上述情况，主要是由于伤害到女性体内的组织，若囊肿在肠胃附近的，女性患者就会出现腹泻、胃肠疼痛等情况，同时若是长在卵巢上，就会对卵巢或输卵管功能产生影响，从而引起女性不孕。
