在身体检查方面，患者在左下腹有时可摸到巨大的粪块，用手指做肛门检查常发现肛门特别紧。直肠内不含粪块，但手指抽出时会有大量气体及粪便喷出。除此之外，可辅以放射线钡剂灌肠摄影、肛门直肠压力测定及直肠切片检查来确定诊断。一般以钡剂灌肠摄影检查可发现狭窄的直肠及其上端膨大的乙状结肠，在交界处形成漏斗样的转移区，在新生儿的检查，少见此种典型的表现，但在24小时后追踪x光片，可见到钡剂滞留。膨大区上巨大的结肠在x光片上要比腰椎宽度大1.5倍以上。而肛门直肠压力测定则是用气球将直肠撑开，此时正常人的肛门内括约肌会放松而外括约肌相对会收缩。巨结肠症的病童肛门内括约肌不会放松，这是因前述肠壁内缺乏神经结细胞所致。关于结肠切片检查，则是从肛门上2公分处开始做抽吸切片，取得足够的黏膜下层区作特殊染色，观察此区神经纤维束末梢有无增生的情况，来判断是否缺乏神经节细胞。
在治疗方面，除了外科作根治性的手术外，内科治疗主要是处理并发症及稳定病情，使患者能在最适当的状况下接受手术治疗。
