肺炎支原体肺炎的另一特点是可发生非呼吸系统的严重并发症，任何器官均可累及。常见并发症有自身免疫性溶血性贫血，非特异性肌痛或关节痛，多种皮肤粘膜病变（如结节性红斑和多形性红斑），心肌炎或心肌心包炎，心律失常甚至心功能不全等，最严重的并发症是中枢和外周神经系统病变，可导致死亡。
肺炎支原体肺炎的诊断需结合临床症状、x线表现和辅助检查确定。从临床标本中分离培养出肺炎支原体可确诊，但检出率较低。血清学检查是目前临床最常用的诊断方法，如免疫荧光试验、酶联免疫吸附试验（pcr）、间接血凝试验等检测肺炎支原体抗体，传统的冷凝集试验敏感性和特异性并不高。近年来应用pcr试验对临床标本进行检测，对早期、快速诊断有很大帮助，但有时出现假阳性结果。固相酶免疫技术或免疫荧光法直接检测标本中的肺炎支原体抗原也用于临床，但敏感性不高。目前，治疗肺炎支原体感染主要应用大环内酯类抗生素。红霉素是首选药物，剂量为每日2g（每次0.5g，每日4次）。或用交沙霉素，每日1.2～1.8g。红霉素耐药者可用四环素每日2g，持续10～14天，以免复发。米诺环素因有较高的脂溶性而被用于肺炎支原体感染中枢神经系统并发症的治疗，每次0.1g，每日2次。近年来，应用新型大环内酯类抗生素克拉霉素和阿奇霉素治疗肺炎支原体感染获得了良好的疗效，用法为克拉霉素每次0.5g，每日2次，疗程10～14天。阿奇霉素第1天0.5g，后4天每次0.25g，每日2次。也有应用氟喹诺酮类药物治疗获得良好临床疗效的报道。值得注意的是，对病情较重者应加强支持治疗，出现严重肺外并发症时，应给予相应的处理。
