尽管如此，应用驱虫药还是有许多需要注意的地方。
选择驱虫最佳时机秋季是驱蛔的最佳季节。夏季，大人和儿童进食大量的生鲜蔬菜和瓜果，其上难免带有蛔虫卵，感染蛔虫的机会较多。到了秋季，幼虫长为成虫，都集中在小肠内，此时服用驱虫药，可谓是打个正着。
两岁以下儿童慎服驱虫药两岁以下的儿童，肝脏发育尚不完全，而大多数驱虫药中都含有影响肝功能的成分，服用后会造成孩子的肝功能损害，引起转氨酶升高和厌食症。两岁以下儿童防治肠道寄生虫病的最好方法就是注意生活卫生，切断接触虫卵的来源。
小儿与成人剂量相同依一般的用药经验，小儿的剂量应该小于成人。可是肠虫清的剂量却规定从两岁以上的儿童到成人，都是两片，这使得部分家长在给小儿用药时不免担心。其实不必担心，因为肠虫清口服后绝大部分（95%）不被人体吸收，24小时内即随粪便排出体外，只有5%在体内完成杀灭组织内的幼虫、肠道内的成虫和虫卵的任务，并在48小时内随尿液排出体外。足见肠虫清是一种吸收少、不易在体内蓄积的药物。因此，临床上往往采用单剂量一次顿服，无须按体重计算剂量。
服药后不会立即排虫有的人服药后一天，就急于检查粪便，若没找到虫体，便认为药效不佳或剂量不够。这种错误观念源于使用传统驱虫药。传统的驱虫药毒性较强，不宜在体内久留，因此与泻药组成复方制剂。这样，驱虫药将虫体麻痹后，借助泻药及肠蠕动将虫体排出体外。
