本病为免疫复合物长期、缓慢沉积于上皮细胞下（又称慢性免疫复合物沉积病）。一般不引起炎症细胞反应，而通过补体的终末成分c3b～c9是补体的攻膜系统，导致基底膜损伤。免疫荧光显示有颗粒状igg、c3沉积于肾小球基底膜。dixon等在动物实验中，以每日2mg低剂量异性蛋白注入家兔产生慢性血清病，循环免疫复合物沉积导致膜性肾病。
本病基底膜上皮侧免疫复合物主要原位形成，抗原可为事先“植入”，也可是脏层上皮细胞表面糖蛋白与相应的抗体在上皮细胞表面形成免疫复合物，而脱落于基底膜上。
细胞介导的免疫功能障碍亦是本病的免疫学特征之一。有资料提示尤其在肾病综合征发作期，t淋巴细胞亚群的异常，如cd4，cd8细胞的百分数和绝对值异常，前者偏高，后者减少。
原发性膜性肾病与免疫遗传学标证明显相关。欧洲如英国、德国、西班牙及芬兰等国原发性膜性肾病病人hla-dr3检出率显著增高，美国原发性膜性肾病病人显示ｂ细胞抗原mt2，日本原发性膜性肾病患者hla-dr2检出率明显高，美国、英国本病患者有b18-bff1-dr3单型阳性者往往较其它类型预后差。
