棉絮斑与累及中枢神经系统的系统性红斑狼疮之间的关系尚有争论，至今尚未确定两者之间有肯定关系。在少数患者中，可发生严重的视网膜血管阻塞性疾病，可能与累及中枢神经系统的系统性红斑狼疮相关联。视网膜血管阻塞性疾病包括视网膜中央动脉阻塞、视网膜中央静脉阻塞、视网膜分支动脉阻塞，以及更为常见的弥漫性视网膜血管阻塞。
虽然弥漫性视网膜血管阻塞有时也被称为“视网膜血管炎”，但其真正的发病机制并不清楚。系统性红斑狼疮患者出现的严重的视网膜血管阻塞性疾病与狼疮抗凝物有关，这些视网膜疾病可能继发于这类自身抗体。这些弥漫性视网膜血管病变常会发生视网膜新生血管，预后差。
在治疗严重的狼疮性视网膜病变时，全视网膜激光光凝治疗有一定价值。大约50%患有这类严重的阻塞性视网膜血管病变的患者会失明。但在比较轻度的视网膜病变中丧失视力并不常见。
系统性红斑狼疮引起的神经眼科的病变包括颅神经麻痹、狼疮性视神经病变、视交叉后中枢病变引起的视觉改变，后者包括幻觉和视野丧失。在系统性红斑狼疮患者中最常见到的视神经病变是球后视神经炎。但也有其他的视神经病变，如前部视神经病变伴有视乳头水肿、缺血性视神经病变和因狼疮性视神经病变导致的缓慢进行性的视功能丧失。尸检研究显示狼疮性视神经病变的发病机制是微血管病变。
