一般认为十二指肠溃疡不会发生癌变。其罕见的原因是由于十二指肠溃疡多伴有高酸分泌，可抑制致癌物质亚硝胺盐的生成，而不至于发生癌变。
十二指肠溃疡是一种慢性病，倾向于反复发作，不少病人的病程可长达数十年，但多次发作之后，以后不再复发的为数也不少。许多病人尽管一发再发，然而始终无并发症发生。事实上，不少病人由于症状较轻，从不到就诊。由此可见，对于十二指肠溃疡的大多数病人而言，本病是一种良性的病理过程，预后良好。但年龄在60岁以上的老年患者多并发出血或穿孔，病情凶险，病死率高。球后溃疡较多发生出血和穿孔，且在外科治疗上也比球部溃疡为困难。过去有过胃潴留者，以后再发生潴留的机会增加。先前有过大出血者比从无出血者，不仅以后再出血的频率较高，且其它并发症（如穿孔等）的频率也较高。目前经临床初步试用，新的h2受体拮抗剂具有加速溃疡愈合和预防溃疡复发的作用，如能进一步得到证实，且长期用药并无重要的副反应，则可用于长期反复发作而需手术治疗的部分病人的治疗，对于减少溃疡的复发，降低病死率，将产生巨大的作用。
