治疗的方法必须要针对患者引起肾萎缩的原发病，进行根本上的治疗。
具体用药和治疗手段需因人因病而异。尤其是在用药方面，肾萎缩本身肾脏就受到了严重的损伤，如果再吃增加肾负担甚至是伤肾的药物，对肾脏的损害是可想而知的。继续盲目用药将会造成肾脏不可逆转的恶化。
因此在治疗用药过程中应注意
1、首先要注意选用疗效佳、对肾功能影响小的药物。
2、用经肾脏排泄的药时，一定要遵照医嘱服药，千万不要自作主张。
3、用药过程中出现不良反应时，应及时告诉医生，及时减量或停用对肾脏功能有影响的那种药物。
4、需长期用药者，应经常到检测药物浓度。
5、注意药物间的相互作用，以防止某种药物的疗效或副作用因其他药物的影响而发生变化。
6、在用药过程中应定期检查肝、肾功能，同时细致观察自己原有疾病有无变化。
