形成阴茎短小的原因是多种多样的，有先天的因素，也有后天的因素，遗传基因的影响最为根本，常见原因如下
（1）在母体怀孕期间因药施用不当，影响雄性激素的分泌，先天不足。
（2）缺乏健壮性机能的营养和原素，形成先天发育不良。
（3）青少年发育期间，营养不足，起不到壮大性器官的作用。
（4）内体寒、怕冷、体内阳气不足，致使阴茎不能完全凸出，有部分内缩于腹内。
（5）性生活过度，身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小。（6）患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足。
（7）包皮过长，缺乏生长的必要空间，阴碍阴茎的发育生长。阴茎勃起在11-15公分属正常，短于10公分则属短小。
