由于前列腺脂质包膜的屏障作用，大多数抗菌药物难以进入前列腺内达到有效的抑菌浓度，只有脂溶性高的碱性药物。与血浆蛋白结合少，离解度高的药物。对前列腺脂膜弥散性好的药物才有可能发挥较好的疗效。符合这些条件的药物有磺胺增效剂、复方新诺明（内含磺胺增效剂）、红霉素、林可霉素、利福平、氟哌酸等。此外，氟嗪酸、美满霉素、泰利特等药物疗效更佳。不过，有些从理论上讲效果很好的药物，实际上疗效却并不满意。比如，有人报告一组磺胺增效剂或复方新诺明持续12周治疗的慢性前列腺炎患者，仅仅1/3获得治愈。究其原因是前列腺炎患者局部的酸碱度发生变化影响了药物的进入和治疗作用。因此，无论是吃药、打针，还是静脉滴入或者塞肛用药，治疗效果均不理想。可见，临床选择抗生素必须综合考虑，应该结合前列腺液细菌培养和药敏试验的结果决定用药种类，并根据临床治疗效果加以调整。
目前医生较常采用的方案有
1、利福平与磺胺增效剂联合治疗，每日一次口服利福平3至4片（450毫克至600毫克），磺胺增效剂2片（200毫克）15天，改为利福平2片（300毫克），磺胺增效剂100毫克105天，标准疗程4个月。其缺点为利福平有肝毒性作用，而且用药时间长。病人多难以坚持到底。采取此方案治疗的患者，应定期检查肝功能。
