多囊肾属先天疾患，乃先天禀赋不足所引起的肾脏发育畸形，故肾虚是其根本原因。此外病理因素还有痰瘀和水，且其间存有互为因果的关系。诚如徐庆暄老中医所言“病血者，未尝不病水。病水者，未尝不病血也”，“瘀血化水，亦发水肿”，无论何种多囊肾，最终必将导致痰、瘀、水三者积于肾脏，而且在三者关系上，更强调瘀在病理中的地位。瘀血可以化生痰水，而致瘀、痰、水互结，肾失所主。同时瘀血可致气血运行受阻，不能正常输布津液，以致痰水内生。从ct显示可为客观指征，尤其伴见尿血症状时，多囊肾的囊壁血管破裂，血液溢于尿液，故瘀血是多囊肾尿血时的基本病理之一。此外，临床检查也表明多囊肾患者血液处于高凝状态，有黏、浓、凝、聚的特点，从微观角度证实了瘀血证的存在。ct的检查也为活血化瘀治疗多囊肾提供了有利的依据。原则上应根据病因病机的特点辩明瘀血产生的原因考虑立法根据标本虚实主次，调整治标治本之比例。如痰浊导致瘀血者，宜化痰泄浊活血化瘀。痰水导致瘀血者，宜化痰利水化瘀。兼有风热或风寒者，治宜疏风清热或辛温解表。兼有湿热者，治宜清热利湿。兼有寒湿者，治宜祛寒利湿。病久，本虚为著，治肾为本，兼调肝脾肺，分别气血阴阳不足，参以活血化瘀法调治。
单纯性肾囊肿，在临床上较常见，且多见于成年人，其发病机制与肾小管的梗阻局部缺血和先天性的发育障碍有关，可以分为单发性肾囊肿和多发性肾囊肿，两者的预后不同。
