肾囊肿这种疾病主要是采用手术治疗的。如果患者有腰腹疼痛等不适的症状，囊肿的直径大于4cm，产生压迫之感，或者囊肿出现继发性出血、感染、破裂等现象，医学上认为需要进行手术治疗。腹腔镜下的肾囊肿去顶减压术，在目前的医学临床上，是主要的肾囊肿手术治疗的方式。这种手术的风险相对小些，治疗的效果也很好，而且创伤较小，术后身体恢复快，复发率也很低。因此，这种手术被广泛应用在肾囊肿的临床手术治疗上。
肾囊肿的患者，如果采取排泄性尿路造影，肾断层x线摄影术，超声影象及ct还没有做出确定的诊断，那就应该做血管造影，经皮囊肿穿刺抽吸。抽吸液可以做细胞学的检查，测定其脂肪的含量，如果脂肪含量有所增高，那就是肾囊肿了。再将囊液引流，代以造影剂。在抽出造影剂前，将3ml的碘酯脂注入囊腔内，以减少液体积压造成病变的可能性。据医学资料显示，如果将95%的酒精注入空囊内，在29例患者中就只有1例有复发现象。
肾囊肿还存在癌变的可能，所以一定要通过手术来进行探查。据医学资料显示，1971年，ambrose在对55例肾囊肿患者进行手术的时候，5例被证实已有癌变，占9%。在这种情况下，只能切除囊肿的肾外部分了。如果肾脏的损伤真的非常严重的话，切除肾也是很有可能的。
