对于孕期出现的霉菌性阴道炎必须加以治疗。医生一般会采用阴道里上药的方法，以保证胎儿的安全。由于妊娠因素不能去除，分娩之后胎盘出来了，激素水平才会下降。所以这种阴道炎在孕期有可能反复发生。出现了阴道炎就要及时治疗，否则胎儿通过产道时就有可能使新生儿感染，如鹅口疮。产后这些条件消失了，霉菌性阴道炎就不容易得了。
苏打水冲洗加涂龙胆紫是治疗霉菌性阴道炎的一个老方法，五六十年代普遍使用。随着抗霉菌药物和甲硝唑类抗真菌类药物的发明，用不着从改变酸碱度入手来抑制念珠菌的感染了，而是用药物针对病源进行治疗，所以现已不再提倡阴道冲洗。龙胆紫可以腐蚀阴道黏膜，对胎儿是有毒的，妊娠期间使用就更不好。抗真菌药还是局部用比较好，这样全身吸收少，对肝、肾及全身影响较小，局部的浓度也比较高，作用更直接。有时候局部用药不方便也可以口服，如未婚、月经期、出差等等。在哺乳期卵巢处于抑制的状态，阴道的上皮很薄很弱，阴道里酸碱度偏碱，容易发生厌氧菌感染，可以口服甲硝唑治疗。
