溃疡性结肠炎的治疗有三大类主要针对性药物，即1.水杨酸类制剂。2.糖皮质激素。3.免疫抑制剂。病变程度较轻，仅需水杨酸类制剂即可，代表药物有柳氮磺胺吡啶（sasp），该药长期服用有不少副作用，现今国内外开发了许多5-氨基水杨酸（5-asa）类药物，疗效佳，副作用少，长期服用依从性好，代表药物有美沙拉（颇得斯安、艾迪莎、莎尔福），就是价格均较昂贵。如果病变仅局限于直肠、乙状结肠，也可用该类药物的栓剂，从肛门塞入，或将药片研碎，从肛门插入做保留灌肠，也有疗效好，并且副作用少的优点。
据我们研究发现，中药穿心莲对溃疡性结肠炎能与上述药物取得同样的疗效。如果病变程度为中度，除了上述药物应用外，尚需用糖皮质激素，代表药物有强的松、氢化可的松，前者是口服，后者是静脉滴注。它们均可引起肥胖的并发症，但这些反应停药后均会好转。重度或有的中度用激素疗效不好，则可用免疫抑制剂，代表药物有硫唑嘌呤、6-mp、甲氨蝶呤，再无效可用环孢菌素。这类药物均有引起抑制骨髓造血系统副作用，会引起白细胞降低，故应慎重使用，如要应用均要有严密监测。溃疡性结肠炎用药均要注意，在开始两个月时剂量要大，需足够适当的治疗剂量，以后逐渐减量至维持剂量，用半年至一年。切记不能因为病情好转或怕麻烦自己减量和停用，这样会造成疾病反复发作，长时期不愈，甚至烦恼陪伴终身。如果上述药物治疗无效，或是呈爆发型，可能需手术切除全结肠。并不是所有的溃疡性结肠炎都会发生癌变，最常见于1.发病年龄小于20岁。2.病程较长，大于10年。3.病变范围广，累及全结肠。这些病人容易发生癌变，癌变的预防和发现依靠结肠镜检查，并取活组织病理检查。如活检报告无恶变或轻度组织不典型增生，可12年后复查结肠镜，随访观察。如中度不典型增生，就需半年一次结肠镜检查观察变化。重度不典型增生就需注意癌变发生，此时3个月即要复查结肠镜。如果不典型增生没有改善，为了预防癌症的发生，即需手术切除。
在治疗期间，应注意饮食清淡，可用一些对症药物，如有腹痛可用得舒特，有腹泻可用微生态制剂如培菲康、整肠生等。总之，溃疡性结肠炎是慢性、反复发作的疾病，病人治疗一定要服从医嘱，耐心、长期不间断地用药，病情还是能够得到缓解、治愈的。
